Если по результатам налоговой проверки организации указано на неправомерность применения ЕНВД и начислены налоги по ОСНО, в том числе НДС, который придется заплатить из собственных средств, так как он не был предъявлен покупателям, то из этого положения возможен выход!
Во-первых, лицам, фактически использовавшим в соответствующих налоговых периодах освобождение от исполнения обязанностей налогоплательщика, связанных с исчислением и уплатой налога, не может быть отказано в праве на такое освобождение только лишь по мотиву непредставления в установленный срок уведомления и документов (п.2 постановления Пленума Высшего Арбитражного Суда Российской Федерации от 30.05.2014 N 33).
Во-вторых, в случае изменения квалификации деятельности налогоплательщика в рамках выездной налоговой проверки налогоплательщик имеет право на подачу уведомления об освобождении от уплаты НДС в порядке, предусмотренном п.1 ст. 145 НК РФ, также и после обжалования результатов налоговой проверки в судебном порядке при условии, если такое освобождение применялось им фактически (налог не исчислялся и не предъявлялся покупателям) и не истек установленный ст. 78 НК РФ срок возврата (зачета) переплаты по налогу (Определение Верховного Суда РФ от 31.01.2018 № 306-КГ17-15420).
Таким образом, констатирует в своем письме ФНС РФ, организация (ИП) вправе подать уведомление об использовании права на освобождение от обязанностей налогоплательщика НДС в соответствии со ст. 145 НК РФ уже после обжалования результатов выездной налоговой проверки в судебном порядке.
Конечно, при этом следует проверить, не превысила ли выручка от продажи 2 млн руб. за каждый из трехмесячных промежутков периода проверки. (Письмо ФНС России от 01.10.2018 N СД-4-3/19050@)